Partizipation in der Forschung ist oft als strukturierter Top-down-Prozess aus der Wissenschaft oder Politik heraus angelegt (eingeladene Partizipation). Daneben gibt es aber auch Teilhabewünsche aus der Gesellschaft, die nicht von der Wissenschaft initiiert sind. Diese können sich als heterogene Meinungsbilder oder als selbstorganisierte Initiativen, wie z.B. Protestbewegungen äußern (sogenannte eingeforderte/uneingeladene Partizipation – uninvited participation). Diese Unterteilung ist nicht identisch zur Unterscheidung zwischen formell verankerter Partizipation, z. B. in Planungsverfahren und informeller Partizipation wie z. B. bei Dialogveranstaltungen.

Während Top-down-Prozesse bereits Setzungen z. B. in Bezug auf Themenzuschnitt und Gestaltungsrahmen vornehmen, erfordert die Einbeziehung von Bottom-up-Initiativen ein hohes Maß an Flexibilität, z. B. in Bezug auf Themen und angestrebte Ziele. Dies kann im Konflikt mit Organisations- und Förderlogiken sowie Arbeitsweisen in der Wissenschaft stehen. Aber auch für Bürger:innen und Zivilgesellschaft stellt die Zusammenarbeit mit der Wissenschaft eine Herausforderung, z. B. in Bezug auf Selbstorganisation und kollektive Entscheidungen dar. Ein gesetzter Rahmen kann deshalb nicht nur einschränkend, sondern auch ermöglichend wirken. Ein relevantes Maß für die Adressierung dieser Herausforderungen ist die Kooperationsfähigkeit: Sie beschreibt die Fähigkeit von Akteur:innen, Verbindungen und Beziehungen herzustellen – sowohl innerhalb heterogener Konsortien als auch untereinander und zu anderen Akteur:innen außerhalb.